
Работал в госбанке ВТБ вместе с бывшей супругой, которая впоследствии вышла замуж за племянника Андрея Костина. Зять чиновника владеет компанией, получающей господдержку.
Алексей Заботкин родился в Коломне Московской области. В 1997 году окончил МГУ, однако на работу устроился не сразу — до 2005 года будущий чиновник получал второе высшее образование в Российской экономической школе.
На первых этапах своей карьеры Заботкин работал в банковской сфере — экономистом в российском подразделении немецкого Deutsche Bank ЗАО «Дойче Секьюритиз» управляющим директором по инвестиционной стратегии в инвестиционной группе UCP
, заместителем гендиректора дочерней структуры ВТБ — «ВТБ Управление активами», а также замруководителя аналитического департамента другого подразделения ВТБ — ЗАО «ВТБ Капитал».
В Центробанк Заботкин пришел в 2018 году. До 2020 года он работал директором Департамента денежно-кредитной политики в ведомстве, а затем стал заместителем председателя Центробанка. В состав совета директоров ЦБ Заботкин вошел в апреле 2022 года.

Бывшая жена члена совета директоров ЦБ Ольга Заботкина работает в банковской сфере. В конце 2000-х она недолгое время была вице-президентом российского Deutsche Bank — как раз в это время ее бывший муж работал экономистом в дочернем подразделении немецкой организации. В 2008 году Заботкина ушла в «ВТБ Капитал» на должность управляющего директора, где остается и по сей день. В «ВТБ Капитал» она тоже пересеклась с бывшим мужем — тот с 2012 по 2018 гг. работал замруководителя аналитического департамента компании.
Супруги развелись в период между 2015 и 2018 годами; в январе 2019 года Ольга Заботкина вышла замуж за племянника главы ВТБ Андрея Костина — Сергея Костина-младшего, занимающего должность управляющего директора банка ВТБ.

Муж сестры Алексея Заботкина Сергей Павлов — совладелец пермской компании «Платформа». Она занимается разработкой баз данных и информационных ресурсов. В 2024 году «Платформа» получила господдержку в размере 9,8 млн руб. от дочерней структуры Росимущества — «Корпорации МСП».