
Церковное образование получил в Ленинградской духовной академии. В середине 60-х был рукоположен в диакона, затем в 1967 году стал иереем, а через пару лет — протоиереем. Вскоре получил пост зампреда Отдела внешних церковных сношений, а примерно через год, возможно по его протекции, в этом же отделе будет работать их с патриархом сестра Елена Гундяева. По словам нынешнего патриарха, на посту зампреда Николай Гундяев был тайным автором всех общецерковных документов. Этой административной работой он занимался вплоть до 1977 года.
Также занимал важную роль в церковном образовании: в конце 70-х заведовал аспирантурой в Московской духовной академии, а в 1986 году около года был ректором Ленинградской духовной академии.